一、符合收储条件的棉花数量并不多，相当一部分新疆大包棉未经仪器化公证检验被挡在门外。另外：棉包必须使用新包布，且无污染和炸包，这一条对已加工好的新疆棉HVI大包棉也很有“威慑力”。收储限定为在新疆登记注册的棉花企业，内地相当一部分大中型棉花流通企业不在范围内，如山东省棉麻、湖北省棉麻等。
二、疆棉花企业认为收储棉的价格偏低，亏损比较大，而且货款先走农发行的帐面，本息扣除后才转给企业，亏损多少全由棉企承担。从收储的价格来看，标准级(328级)每吨按13400元(指新疆库点)和13600元(指内地库点)，但同时要求的是净重结算。新疆由于持续高温，皮棉亏重很大，基本都在2%—4%之间。虽然仪器化公证检验棉花在公定结算价基础上每吨加400元，但算下来，三级棉也仅在13200—13400元/吨，二级棉13700—13800元/吨，每吨至少亏损500元以上。
三、2007/2008年度新疆棉的质量有所下降，特别是兵团以外的棉花，229、329在“三丝”和马克隆值及短绒的控制上问题很多。有些棉企担心经中国纤维检验局确认是否符会降级压价，棉包条码上的二级被检成三级；有的棉企在加工时对机器做了手脚，调了部分参数，实际质量下降，亏重加大。近两年，内地很多棉纺企业反映采购的新疆棉条码和实际质量不符，短绒增多，亏重加大。某仓库人员表示，最多时一个车皮就亏重了近1吨，比例在2%以上。企业担心“聪明反被聪明误”也是收储难以定向解决新疆棉问题的原因。
四、受国储棉入库及新棉即将上市等影响，内地很多仓库不再接受移库出来的新疆棉，而移库的棉花又严重滞销，无论从成本还是质量上同新棉比较都处于下风。部分符合收储条件的棉花存放在交易市场的监管和国储代储库，将运输等费用计算在内，并不划算。有企业认为申请成为交易市场交易商或委托现有交易市场交易商为其代理比较麻烦。
五、部分棉企认为2008/2009年度植棉、劳动力成本上升，再加上全球范围内的物价上涨，而政府又出台或计划出台一系列扶持产业政策，当前棉花价格处于谷底。从笔者的调查看，新疆的部分棉企中存在“多贷少经营”的现象，自有资金进入的比例非常低，从农发行贷10吨棉花的贷款(1吨棉花贷款额为11000左右，但收购期间皮棉达到12500—13000)，却只经营了8吨棉花。完全用农发行资金运转，亏多亏少都是国家的，因此已“深度套牢”，只能等着破产解套，交收储也根本无法“双结零”。
