“九五”以来，新疆棉花生产发展取得了明显成效，生产水平有了大幅提高。随着耕作制度和种植方式的改革，多次更新更换优良品种，大力推广多项高产、优质的栽培技术，包括地膜覆盖栽培、矮密早栽培、化学调控、病虫害防治等重大技术。随着种植结构的不断调整，新疆棉花生产逐步向气候条件适宜、种植基础好、产量水平高的优势区域集中。棉花在新疆农村经济发展中的作用越来越明显，由于棉花较其它农产品具备宜存储、抗市场风险能力强、受益稳定性好等特点，已成为新疆最大宗的经济作物。
随着国家棉花流通体制改革的不断推进和深化，新疆棉花流通也大致经历了统购统销、合同定购以及市场放开三个阶段。目前，我区正在建立依靠市场机制实现棉花资源合理配置的现代流通体制。新疆棉纺工业首府乌鲁木齐为中心，沿南北疆铁路、公路、航空等交通干线的重点城镇、原料产区、边界口岸延伸。“十五”期间，乌昌地区、阿克苏市、喀什市以及石河子市、奎屯市等地发挥优势吸引投资，产业规模增长较快。另外，通过加大招商引资工作，先后从国内外引进了多家知名纺织企业在疆投资建厂，形成了稳定的市场。形成我区棉花行业产能规模有序扩大，装备水平、创新能力不断提高，产品档次稳步提升趋势。
新疆与国内其它棉区相比，具有得天独厚的棉花生产优势，主要表现在单产具有很大潜力；光热水土资源丰富；产业发展潜力品种储备、科技支撑和人才管理优势等方面。同时，新疆棉花产业发展也存在一些问题。其中，生产环节存在植棉成本逐年增加、良繁体系相对较为薄弱、棉花机械化采摘水平低、棉田生态环境日益恶化、基础设施建设落后、棉花质量有待进一步提高等问题。流通领域存在传统的一对一购销方式仍然占主导地位、棉花加工能力严重过剩、棉花市场价格波动频繁、棉花市场服务体系不完善、产业化经营发展缓慢等问题。棉纺织加工业方面，生产集中度低、棉纺织产品结构不合理、资本结构不合理、棉副产品资源丰富，但加工利用率低。
以十七届三中全会精神为指导，全面贯彻落实科学发展观，依据市场需求和国家政策，继续实施优质棉基地建设，适度调减现有植棉规模，把生产的重点放在宜棉区和优质高产棉区，重点抓好高密度栽培、节水灌溉、病虫害综合防治和标准化管理等技术的推广普及，主攻品质和单产，节本增效，增强转化增值能力和市场竞争力，通过良种繁育体系、科技推广体系、农机装备体系、打造加工优势，培育市场优势。具体措施包括：调优农业产业结构，通过内涵挖潜提高植棉效益；实施科教兴棉战略，提高植棉水平；加强棉花市场体系建设，切实提高新疆棉花市场竞争力；积极发展、培育中介组织，大力推进新疆棉花产业化进程；加快推进机采棉试验、推广步伐，有效缓解季节劳力不足的局面等五个方面。并努力做到继续加大新疆优质棉基地建设支持力度；提高棉田高标准节水补贴力度；扩大棉花良种补贴和农资综合补贴范围；提高棉花政策性保险中央负担额度；建立规范化、制度化的棉花储备长效调节机制；建立稳定的棉花价格长效机制；建立棉花进口与产业保护联动机制；综合治理国产棉质量问题，强制推行标准农田地膜使用制度；督办郑商所棉花期货新疆棉2号合约尽快上市；继续支持新疆纺织业发展；建立有利于优质棉产业发展的金融支持运行机制，促进我区棉花产业又好又快发展。
