巧克力是一种高热量食品，但其中蛋白质含量偏低，脂肪含量偏高，营养成分的比例不符合儿童生长发育的需要，在饭前过量吃巧克力会产生饱腹感，因而影响食欲，但饭后很快又感到肚子饿，这使正常的生活规律和进餐习惯被打乱，影响儿童的身体健康。巧克力含脂肪多，不含能刺激胃肠正常蠕动的纤维素，因而影响胃肠道的消化吸收功能。
再者，巧克力中含有使神经系统兴奋的物质，会使儿童不易入睡和哭闹不安。此外，多吃巧克力还会发生蛀牙，并使肠道气体增多而导致腹痛。因此，3岁以下儿小不宜吃巧克力，稍大一点的孩子吃巧克力要适量，另外牛奶与巧克力不宜同食，有的家长为给孩子增加营养，常常在牛奶中放些溶化的巧克力或吃奶后再给孩子巧克力吃，这是不科学的，因为牛奶中的钙与巧克力中的草酸结合以后，可形成草酸钙，草酸钙不溶于水，如果长期食用，容易使孩子的头发干燥而没有光泽，还经常腹泻，并出现缺钙和发育缓慢的现象。
