许多人，甚至包括一些专业人员、政府官员和学者至今不能对特许经营与连锁经营之间的区别和关系有清楚的认识。因此，有必要在此做出澄清：
特许经营的定义是：特许经营是指通过签订合同，特许人将有权授予他人使用的商标、商号、经营模式等经营资源，授予被特许人使用；被特许人按照合同约定在统一经营体系下从事经营活动，并向特许人支付特许经营费
连锁经营的定义是：在商业流通领域中若干同业店铺，以共同进货或授予特许权等方式联结起来，实现服务标准化、经营专业化、管理规范化，共享规模效益的一种现代经营方式和组织形式。
从以上两个定义可以很清楚的看出：前者讲的是商业关系，后者讲的是商业店铺的组织形式。在工商业实践中，特许经营会大量采用连锁经营的组织形态，但也可能根本就不采用连锁经营的组织形态（比如生产特许、比如无店铺经营）。
特许经营是一种以特许人的知识产权的许可使用为核心的产权交易。特许经营的诉求点在于利用组织的自主知识产权创造新价值；而连锁经营的诉求点在于发挥组织的规模经济效应。
作为学科，特许经营是一门研究特许权及其运动规律的独立学科；连锁经营则是一般管理学上的一个分支。
特许经营有其特殊的产品-特许权提供给社会，该产品是有价值的，是可以度量的，是可以进行交易的。因此特许经营形成一个独特的市场-特许权市场。因此也可以成为一个独立的行业。连锁经营作为一种商业组织形态则服务于特许经营这个行业。
